Ông Thuyết cùng vợ Nguyễn Nhật Linh, Phó tổng giám đốc Công ty TNHH Thành An Hà Nội và 4 người là Nguyễn Quý Khái, Giám đốc Công ty Danh; Bùi Thị Mai Hương, kế toán trưởng Công ty Danh; Đỗ Thị Hoa, kế toán trưởng Thành An; Nguyễn Thị Hòa, phụ trách kế toán của 3 công ty, bị Cục Cảnh sát điều tra tội phạm về tham nhũng, kinh tế, buôn lậu (C03, Bộ Công an đề) nghị truy tố về tội Vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng, theo khoản 3 Điều 221 Bộ luật Hình sự, ngày 30/8.
Cùng vụ án, 32 người bị C03 đề nghị truy tố về tội In, phát hành, mua bán trái phép hóa đơn, chứng từ thu nộp ngân sách Nhà nước theo khoản 1 hoặc 2 Điều 203 Bộ luật Hình sự.
Theo kết luận điều tra, năm 2001, ông Thuyết thành lập Công ty TNHH Thành An, hoạt động nhập khẩu, phân phối vật tư tiêu hao, trang thiết bị y tế. 10 năm sau, ông Thuyết mở thêm Công ty Danh, sau đó là Công ty Tràng Thi để cùng kinh doanh vật tư y tế, đấu thầu cung cấp cho các bệnh viện, cơ sở y tế trên toàn quốc.
Khi có trong tay 3 công ty, ông Thuyết trực tiếp điều hành và chỉ đạo nhân viên kế toán lập hai hệ thống sổ kế toán tài chính để theo dõi số liệu thực tế (số thực thu, thực chi) và số liệu không thực tế (ghi tăng chi phí đầu vào). Từ đó có số liệu nhằm kê khai, báo cáo cơ quan thuế.
Nhà chức trách cáo buộc, việc 3 công ty lập hai hệ thống sổ kế toán tài chính để kê khai thuế và hạch toán nội bộ nhằm che giấu lợi nhuận thực tế, giảm tiền thuế phải nộp cho ngân sách Nhà nước, hưởng lợi bất chính.
Nguyễn Đăng Thuyết (trái) và vợ Nguyễn Nhật Linh. Ảnh: Bộ Công an
Tài liệu cảnh sát thu thập được thể hiện, từ 2017 đến 2022, vợ chồng ông Nguyễn Đăng Thuyết và Nguyễn Nhật Linh đã chỉ đạo các nhân viên dưới quyền lập, sử dụng hai hệ thống sổ kế toán tài chính và theo dõi trên phần mềm kế toán FAST. Từ đó để có số liệu về họat động kinh doanh của ba công ty rồi hạch toán, kê khai, báo cáo thuế.
Trong đó, hệ thống sổ sách kế toán tài chính nội bộ sẽ ghi nhận toàn bộ số liệu thực thu, chi và kết quả kinh doanh thực tế của 3 công ty. Hệ thống thứ hai là kế toán tài chính Thuế để khai man số liệu để lập các báo cáo tài chính, báo cáo thuế với cơ quan quản lý nhà nước. Số liệu sẽ được khai man theo hướng tăng chi phí đầu vào, tăng giá vốn hàng bán, giảm lợi nhuận, giảm thuế phải nộp.
Đồng thời, để kiểm soát dòng tiền thu, chi, ông Thuyết yêu cầu người đại diện pháp luật của 3 công ty ủy quyền cho mình để được ký chủ tài khoản trên các chứng từ ngân hàng
Ngoài ra, theo chỉ đạo ông Thuyết, nhóm kế toán Công ty Thành An đã duy trì thường xuyên việc mua bán hóa đơn khống của các công ty, hộ kinh doanh cá thể. Từ 2017 đến 2022, ông Thuyết được cấp dưới mua giúp hơn 19.100 hóa đơn khống, với mặt hàng là danh mục vật tư y tế, của 110 công ty. Tổng giá trị tiền hàng trước thuế là gần 3.600 tỷ đồng, thuế VAT là 75,5 tỷ đồng và chi phí mua hóa đơn là 257 tỷ.
Hành vi của vợ chồng ông Thuyết, Linh và các bị can đã gây thiệt hại về thuế phải nộp cho Nhà nước là 743 tỷ đồng, theo C03.
Ông Thuyết đã bỏ trốn, chưa ghi được lời khai nhưng căn cứ kết quả điều tra, lời khai của người liên quan, cảnh sát xác định bị can là chủ mưu, cầm đầu, chịu trách nhiệm chính về các sai phạm. C03 cũng đề nghị xử lý nghiêm bởi cho rằng bị can Thuyết bỏ trốn nhằm trốn trách nhiệm cá nhân và cản trở hoạt động điều tra.
Bị can Nguyễn Nhật Linh, Đỗ Thị Hoa, Nguyễn Quý Khái, Bùi Thị Mai Hương (từ trái sang phải, từ trên xuống dưới). Ảnh: Bộ Công an
Ngoài hành vi trên, 32 bị can khác là giám đốc, kế toán của các công ty khác nhau bị cáo buộc mua bán trái phép hóa đơn. Trong đó người hưởng lợi trái phép nhiều nhất là 32 tỷ đồng, ít nhất gần 20 triệu đồng.
Doanh nghiệp thường dùng hai phần mềm kế toán để che giấu lợi nhuận thực tế
C03 nhận định, nhiều năm qua, các doanh nghiệp đã sử dụng phần mềm kế toán FAST hoặc MIMOSA theo dõi số liệu thực thu, thực chi và số liệu báo cáo cơ quan thuế, kiểm toán. Lúc kinh doanh, doanh nghiệp dùng một số khoản chi không có chứng từ và không thể hạch toán.
Tuy nhiên, để bù đắp vào các khoản chi phí đó cũng như để hưởng lợi bất chính, doanh nghiệp đã mua bán khống hóa đơn, tăng doanh thu đầu vào dưới hình thức nâng giá vốn hàng bán, che giấu lợi nhuận thực tế, giảm thuế phải nộp.
Với các công ty, hộ kinh doanh bán hóa đơn, C03 cho rằng, do cơ quan quản lý thiếu thanh tra, kiểm tra. Từ đó nhiều người tự ý dùng chứng minh nhân dân để thành lập công ty, hộ kinh doanh rồi đặt "văn phòng ảo". Ngoài ra, nhà chức trách thiếu kiểm tra kho hàng thực tế dẫn đến các hộ kinh doanh lợi dụng việc không phải kê khai hàng hóa để duy trí xuất hóa đơn khống, hưởng lợi trong thời gian dài.
Sau khi chỉ ra các lỗ hổng, C03 kiến nghị cơ quan quản lý thuế báo cáo cấp có thẩm quyền quy định về hạn mức doanh thu của hộ kinh doanh. Với các hộ kinh doanh có doanh thu "vượt ngưỡng" thì bắt buộc phải đăng ký thành lập doanh nghiệp theo quy định tại Luật Doanh nghiệp và phải kê khai, mở sổ sách kế toán, chứng minh hàng hóa đầu vào, lưu giữ đầy đủ hồ sơ đầu vào.
Cơ quan quản lý thuế cần tăng cường kiểm tra doanh nghiệp có doanh thu cao bất thường, tài sản không tương xứng. Nhà quản lý cũng phải quy định chặt chẽ với việc cung cấp, sử dụng phần mềm kế toán doanh nghiệp. Ví dụ như mỗi doanh nghiệp chỉ được cung cấp, sử dụng một phần mềm kế toán.